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Open_UMR is a cross faculty publication hub. We collect scientific publications, resources, research data and software from members of Philipps-University Marburg and make it openly accessible. To ensure high standards of quality and re-usability, submissions to open_UMR are subject to curation.

Recent Submissions

  • Item type:Thesis, Open Access
    Betrachtung der Pharmakotherapie im Rahmen des Systolischen-Extinktions-Trainings bei Fibromyalgie-Patienten
    (2025-12-18) Kubon, Philipp; Thieme, Kati; Wulf, Hinnerk
    Ziel dieser Ausarbeitung ist die Betrachtung der Pharmakotherapie bei Patienten mit einer gesicherten Fibromyalgie, welche im Rahmen der SET (Systemisches Extinktions Training)-Studie (Thieme et al. 2019) therapiert wurden. Das Therapieprinzip des Systolischen Extinktions Trainings (SET) stützt sich auf die Pathophysiologie der veränderten zentralen Schmerzwahrnehmung bei Fibromyalgiepatienten. Mittels kardial getriggerter elektrischer Stimulation wird eine Desensibilisierung der Schmerzwahrnehmung erreicht. Infolgedessen erfolgt eine Erhöhung der Schmerzschwelle. Dadurch gelingt eine Schmerz- und Symptomreduktion bei dem Patientenkollektiv. Wir konnten eine signifikante langfristige Reduktion der Analgetikaeinnahme durch die SET-Therapie im Vergleich zu den Kontrollgruppen bei Patienten mit Fibromyalgie nachweisen. Dementsprechend scheint die SET-Therapie bei den untersuchten Patientenkollektiv eine sinnvolle Behandlungsalternative zu sein.
  • Item type:Item, Open Access
    Slides zum Workshop "Bequem oder souverän? Der Cloud-basierte Arbeitsplatz der Zukunft"
    (Philipps-Universität Marburg, 2025-12-18) Weiß, Tobias; Gabriel, Andreas; Arendt, Thorsten
    Dieser Themenraum widmete sich der Frage, wie moderne Arbeitsplätze in Verwaltung, Forschung und Lehre sowohl benutzerfreundlich als auch souverän gestaltet werden können – am konkreten Beispiel von openDesk, einer innovativen Open Source Arbeitsplatzplattform. Die Teilnehmenden konnten im Rahmen einer Hands-on-Session mit der Plattform arbeiten, um eigene Use-Cases zu entwickeln.
  • Item type:Thesis, Open Access
    Der Haftverbund des Wurzelkanalsealers Well-Root ST zum Wurzelkanaldentin in Abhängigkeit verschiedener endodontischer Spüllösungen
    (Philipps-Universität Marburg, 2026-01-12) Vaupel, Pia; Roggendorf, Matthias (PD Dr.)
    Für eine erfolgreiche endodontische Behandlung und gute Prognose des wurzelkanalbehandelten Zahnes ist eine suffiziente, stabile Wurzelfüllung maßgeblich entscheidend. Während sich Guttapercha als Kernmaterial der Wurzelfüllung seit Jahrzehnten als Goldstandard bewährt, werden im Bereich der Sealer immer wieder neue Materialien und Materialklassen entwickelt. In Studien wurde für diverse Sealer bereits nachgewiesen, dass die Verwendung unterschiedlicher Spüllösungen auch zu variierenden Haftwerten führt. Häufig ergaben sich bei belassen der Schmierschicht zudem höhere Haftwerte, als nach deren Entfernung. Ziel dieser in vitro Studie war es, die Auswirkungen verschiedener Spülflüssigkeiten auf den Haftverbund zwischen Wurzelkanaldentin und dem biokeramischen Sealer Well-Root ST sowie den Einfluss der Schmierschicht, zu ermitteln. Material und Methoden: Zur Durchführung dieser Studie wurden 60 humane, kariesfreie extrahierte Zähne verwendet, welche zuvor keiner endodontischen Behandlung erfahren hatten. Die Zähne wurden auf eine Länge von 9 mm dekapitiert und mit dem maschinellen Aufbereitungssystem F360/Endopilot auf ISO 55, AL 8 mm aufbereitet. Anschließend wurde mittels K-Reamer manuell auf ISO 60, 8 mm AL und mittels BioRaCe ISO 60 auf 7,5 mm AL aufbereitet. Die Zähne wurden randomisiert 6 Gruppen zugeteilt und mit den Spüllösungen 1: Aqua dest, 2: Ethylendiamintetraacetat 17%, 3: Zitronensäure 40%, 4: Ethanol 95 %, 5: Natriumhypochlorit 5,25 % und 6: Chlorhexidindiglukonat 2% mit jeweils 3 ml für 1 min gespült. Nach Spülung und Trocknung der Kanäle erfolgte das Einbringen des Stahlspreaders mit dem zu untersuchenden Wurzelkanalsealer. Nach 4-wöchiger, feuchter Lagerung bei 37 °C wurden die Proben einem Pull-Out-Versuch mittels Universalprüfmaschine unterzogen. Dabei wurde die maximale Kraft bis zum adhäsiven Versagen ermittelt. Des Weiteren erfolgte eine Analyse der entstandenen Frakturmodi. Die statistische Analyse erfolgte mittels der Shapiro-Wilk, ANOVA, Levene, Gabriel- und Chi-Quadrat-Tests. Ergebnisse: Die statistische Analyse ergab, dass die verwendeten endodontischen Spüllösungen einen signifikanten Einfluss aus die Haftwerte von Well-Root ST hatten. Die mit Abstand besten Haftwerte dieser Studie wurden bei Spülung mit Ethanol (Median 8,61 MPa) erzielt. Auch die Spüllösungen mit Aqua dest., CHX und NaOCl erzielten solide Haftwerte, hatten allerdings einen Unterschied von etwa 3 MPa zu Ethanol. Die Chelatoren EDTA und vor allem Zitronensäure erzielten in dieser Studie die mit Abstand schlechtesten Haftwerte (Zitronensäure Median 2,23 MPa). Somit führte die Anwendung von Chelatoren zur Auflösung der Schmierschicht zu schlechteren Haftwerten. Die Statistik ergab allerdings keine Korrelation der Frakturmodi mit dem Haftverbund. Schlussfolgerung: Unter den Bedingungen dieser Studie wies der verwendete Wurzelkanalsealer Well-Root ST hohe Haftwerte auf. Besonders die Spülung mit Ethanol führte zu sehr guten Haftwerten am Wurzelkanaldentin (Median: 8,61 MPa), weshalb über eine Abschlussspülung mit Alkohol bei der Wurzelfüllung mit Well-Root ST nachgedacht werden sollte. Basierend auf den Ergebnissen der vorliegenden Studie ist bei der Entfernung der Schmierschicht EDTA gegenüber Zitronensäure der Vorzug zu geben.
  • Item type:Thesis, Open Access
    NAD-RNA Decapping in Escherichia coli: Discovering the Mechanism and Function of NudC
    (Philipps-Universität Marburg, 2026-01-12) Rodriguez Mendez, David; Höfer, Katharina (Prof. Dr.)
    In Escherichia coli, NudC plays a crucial role in the decapping of 5’-NAD-RNA. Initially identified as a Nudix hydrolase capable of hydrolyzing NAD+ into adenosine monophosphate (AMP) and nicotinamide mononucleotide (NMN), recent studies have shown that NudC has a stronger substrate preference for 5’-NAD-RNA over NAD+. This preference results in the decapping of 5’-NAD-RNA, producing 5’-P-RNA and NMN. The association between NudC and RNA was first observed during protein purification in 1995, but this interaction remained unexplored until recent next-generation sequencing (NGS) data revealed that the RNA binding by NudC is independent of RNA size and sequence. However, the mechanism in which NudC binds to RNA substrates and the biological implications that this interaction might regulate, remain unexplored. Therfore, this work aims to extend the knowledge gap of NAD-RNA decapping mediated by NudC and further implications of it in E. coli. Hereby we present an extensive structural, biochemical, and phenotypical analysis demonstrating the mechanism in which NudC decapping activity, localization, and protein interactions are mediated by RNA binding. Therefore, in section 3.1 we identified by an in silico approach the critical residues of NudC involved in RNA interaction. By in vitro data demonstrated that residues R120 and R122 mediate NudC-RNA binding, which facilitates the decapping of NAD-RNA. By in vivo assays, we demonstrated that the absence of these residues increase up to 10 times the half-life of NAD-RNAs transcripts. Motivated by these results, in section 3.2 we demonstrated that Nud-RNA binding is crucial to promote NudC localization and diffusion towards the inner membrane, and intracellular RNA drives such behavior. Additionally, in section 3.3 we showed for the first time by in vivo and in silico evidence, the association between NudC and the RNA polymerase complex, proposing that decapping and transcription, are coupled processes in E. coli. We also identified the interaction between NudC and PNPase proposing a novel 3’ dependent NAD-RNA degradation by PNPase facilitated by NudC-RNA binding. Ultimately, in section 3.4 we identified protein dysregulation upon NudC-RNA binding disruption, which leads to impaired Biofilm formation in E. coli, possibly linked to untranslated NAD-mRNAs.
  • Item type:Thesis, Open Access
    Characterisation of the role of Mettl3-mediated m6A methylation in skeletal muscle cells
    (Philipps-Universität Marburg, 2026-01-12) Law, Justin Yiu Chun; Annette Borchers (Prof. Dr.)
    A growing body of evidence suggests a pivotal role of N6-Methyladenosine (m6A) modifications for biological processes, including stem cell differentiation. While initial steps have been taken to explore the influence of m6A on muscle stem cell (MuSC) development, several open questions remain, including contradictory findings about the regulation of MuSCs by m6A. These include dual effects of METTL3 on proliferation and differentiation, identification of direct m6A targets, underlying mechanisms, and the roles of (non-)canonical m6A binding proteins. My research focused on the function of Mettl3-mediated m6A modifications for skeletal muscle cell development and regeneration, revealing effects of m6A on proliferation and differentiation of MuSCs. My study revealed the requirement of Mettl3 in Pax7- positive MuSCs for efficient muscle cell differentiation. Furthermore, several potential direct m6A targets were identified, including COUP-TFII (Nr2f2), a transcription factor involved in the pathogenesis of Duchenne muscular dystrophy. My investigations highlight the role of m6A in the metabolism of Ribonucleic acids (RNAs), particularly RNA stability and translation. It demonstrates that Mettl3 strongly influences mRNA degradation and splicing, disclosing that genes differentially expressed in m6A-deficient MuSCs often show changes in the splicing patterns. The study also examines m6A proteins that interact with m6A-modified RNAs and demonstrates the existence of non-canonical m6A readers. Novel methodologies such as GLORI-Sequencing were established and applied to muscle cells for improving detection of m6A and enabling stoichiometric identification of m6A sites at single nucleotide resolution. Complex m6A methylation patterns were mapped, and their interplay with RNA G-quadruplexes (RG4s) were explored, suggesting links between RG4s and epitranscriptomic changes. In conclusion, my research answers several questions about the function of m6A- dependent processes in muscle stem cell development. The identification of direct targets, mechanisms, and interactions improves understanding of the role of epitranscriptomics for critical cellular activities